وفقًا لأخبار CCTV، في 3 يناير بالتوقيت المحلي، أصدرت وزارة الأراضي والبنية التحتية والنقل والسياحة اليابانية سجلات المكالمات بين إدارة مراقبة الحركة الجوية بالمطار وطائرة الركاب JAL وطائرة خفر السواحل قبل اصطدام الطائرة في مطار طوكيو هانيدا. وتظهر السجلات أن إدارة مراقبة الحركة الجوية قد أصدرت إذن الهبوط لطائرة الركاب التابعة لشركة JAL في ذلك الوقت.
من ناحية أخرى، وفي الساعة 17:45 بالتوقيت المحلي من اليوم الثاني، أبلغت إدارة المراقبة الجوية طائرات خفر السواحل،"من فضلك سيارة أجرة إلى المدرج عقد الموقف على الأرض." ولم يُسمح بعد لطائرات خفر السواحل بدخول المدرج.
وهذا يعني أن طائرة خفر السواحل دخلت المدرج دون إذن، وهو ما كان أحد الأسباب الرئيسية للحادث.
ومع ذلك، وفقا لهيئة الإذاعة اليابانية (NHK).وسبق أن صرح قبطان طائرة النقل التابعة لخفر السواحل المصابة، أنه تلقى تعليمات واضحة للسماح بالإقلاع؛وبدأ مجلس سلامة النقل الياباني التحقيق في الحادث اليوم.
وأظهرت تقارير سابقة أن طائرة الخطوط الجوية اليابانية من طراز إيرباص A350 اشتعلت فيها النيران بعد اصطدامها بطائرة أخرى على المدرج. احترق جسم الطائرة بالكامل، ولكن لحسن الحظ، تم إجلاء جميع أفراد الطاقم والركاب البالغ عددهم 367 شخصًا.
وكانت طائرة خفر السواحل التي اصطدمت بطائرة ركاب الخطوط الجوية اليابانية تقل 6 أشخاص.باستثناء القبطان الذي أصيب بجروح خطيرة ونجا، مات جميع الأشخاص الخمسة الآخرين.