في الساعة 17:47 بالتوقيت المحلي من يوم 2 (16:47 بتوقيت بكين)، اصطدمت طائرة ركاب تابعة للخطوط الجوية اليابانية بطائرة تابعة لخفر السواحل بعد هبوطها في مطار طوكيو هانيدا بعد ظهر ذلك اليوم، مما تسبب في نشوب حريق خطير.ووفقا للتقارير، فقد نجا جميع الأشخاص الذين كانوا على متن رحلة الخطوط الجوية اليابانية وعددهم 379 شخصا. لقي خمسة أشخاص على متن طائرة خفر السواحل اليابانية حتفهم وأصيب قبطانها بجروح خطيرة.
يُذكر أن طائرة خفر السواحل كان من المقرر أصلاً أن تطير إلى منطقة إيشيكاوا المنكوبة بزلزال لتوصيل إمدادات الإغاثة، لكنها فشلت في اتباع تعليمات محطة الإرسال، مما تسبب في "إعادة إرسال" الطائرتين.
عقدت وزارة الأراضي والبنية التحتية والنقل والسياحة اليابانية وخفر السواحل الياباني مؤتمرا صحفيا.أُعلن أن المسؤولين حددوا اصطدام الطائرة الذي وقع في مطار طوكيو هانيدا في ذلك اليوم بأنه حادث طيران وأبلغوا مجلس سلامة النقل الياباني.
وفي مؤتمر صحفي عقدته الخطوط الجوية اليابانية قال المسؤول عن الشركة:حصلت طائرة الركاب JAL التي اصطدمت بطائرة لخفر السواحل الياباني في مطار هانيدا بطوكيو في ذلك اليوم على إذن هبوط من المطار قبل وقوع الحادث.
وذكر الطاقم أن الطائرة اقتربت من المدرج وبدأت عمليات الهبوط بنفس الطريقة المعتادة.
وفقًا للأخبار الصادرة عن الخطوط الجوية اليابانية، المتضررة من حادث تصادم الطائرة في مطار طوكيو هانيدا في ذلك اليوم،ألغت الشركة إجمالي 116 رحلة طيران داخلية في اليابان في اليوم الثاني، مما أثر على ما يقرب من 19,920 راكبًا.